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        伯豪生物
            
            
        
        
    
        

        




    
    




    

        
    
          
        
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        2. 伯豪學(xué)院
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                                    科研動態(tài)
                            
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        4. 伯豪生物 | 2020 年 lncRNA 高分文章怎么發(fā)（IF>10）？
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        伯豪生物 | 2020 年 lncRNA 高分文章怎么發(fā)（IF>10）？
        
                
        
                    
        
                        
        發(fā)布時間：2020-03-27 瀏覽次數(shù)：10826
        
                        
        


        
                    
        
                    
        作為非編碼RNA研究領(lǐng)域的三大明星分子:lncRNA、circRNA、miRNA.
        
                    
         作為非編碼 RNA 研究領(lǐng)域的三大明星分子 
        lncRNA、circRNA、miRNA
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        lncRNA 的研究熱度一直持續(xù)升溫 
        lncRNA 數(shù)量龐大，類型多樣，作用模式豐富。那么我們一般都是如何進行疾病相關(guān)的 lncRNA 分析的呢？常規(guī)的分析一般都是從 lncRNA 的作用模式著手。

        lncRNA 的作用 
        lncRNA 的作用模式主要分為三大類：
        1. lncRNA 通過 cis 或 trans 靶基因行使一定的功能；
        2. lncRNA 通過與蛋白質(zhì)結(jié)合行使功能；
        3. lncRNA 通過 ceRNA 調(diào)控機制行使功能。
         目前疾病相關(guān)的 lncRNA 研究中 ceRNA 調(diào)控機制研究必是 No 1。那么既然大家都選擇從 ceRNA 調(diào)控機制研究，勢必會出現(xiàn)扎堆研究現(xiàn)象，這種套路研究相對簡單，但是難以避免的發(fā)不了太高分的文章，那么對于這種情況我們該這么解決呢？下面的這篇文章很好的展示了 2020 年如何在套路研究的基礎(chǔ)上發(fā)高分文章。

         文章解讀 
         該文章是 2020 年 1 月南京醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院的研究團隊發(fā)表在 Molecular Cancer（IF=10.68）雜志上的，文章標(biāo)題為“TEAD4 modulated LncRNA MNX1-AS1 contributes to gastric cancer progression partly through suppressing BTG2 and activating BCL2”。文章研究發(fā)現(xiàn)受轉(zhuǎn)錄因子 TEAD4 表達調(diào)控的 lncRNA MNX1-AS1 可以通過抑制靶基因 BTG2 的表達來參與調(diào)控胃癌進展，同時 MNX1-AS1 可以通過 ceRNA 調(diào)控機制激活 BCL2 的表達來參與調(diào)控胃癌進展。區(qū)別于常規(guī)的在一篇文章里只進行一種 lncRNA 作用模式研究，該文同時進行了兩種，而且數(shù)據(jù)分析透徹，實驗內(nèi)容充足，小伙伴們可以學(xué)習(xí)起來哦。
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         研究背景：           
         胃癌（Gastric cancer, GC) 是癌癥相關(guān)死亡的第三大病種，也是全球第五大常被診斷的癌癥。由于缺乏敏感和特異性的生物標(biāo)志物，大多數(shù)患者在胃癌晚期才被確診。因此，迫切需要進一步研究胃癌的發(fā)病機制，識別與胃癌相關(guān)的有效生物標(biāo)志物。
         長鏈非編碼 RNA (long non-coding RNA, lncRNA) 是長度大于 200 個核苷酸的轉(zhuǎn)錄本。有研究報道，lncRNA 通過參與調(diào)控細胞凋亡、細胞分化和轉(zhuǎn)移等多種生物學(xué)活動，從而影響癌癥的進展。此外，lncRNA 通過與細胞分子如蛋白質(zhì)、RNA、DNA 等的相互作用，調(diào)控關(guān)鍵基因的異位表達。因此，將 lncRNA 作為胃癌發(fā)生相關(guān)的潛在分子進行研究，未嘗不是一個很好的選擇。lncRNA MNX1-AS1（又稱為 CCAT5）初被認為是在結(jié)直腸癌（CRC) 中高表達的基因。有研究報道稱 CCAT5 通過與 STAT3 相互作用促進 CRC 的進展。另一研究報道稱，E2F1 可激活 CRC 細胞中 MNX1-AS1 的過表達，而 MNX1-AS1 通過海綿吸附 miR-218-5p 增加 SEC61A1 的表達，從而促進 CRC 發(fā)生。此外，MNX1-AS1 高表達組 CRC 患者的預(yù)后明顯差于 MNX1-AS1 低表達組，顯示了 MNX1-AS1 對 CRC 的預(yù)后具有一定的參考意義。越來越多的證據(jù)也表明 MNX1-AS1 過表達存在于多種癌癥中，包括膠質(zhì)母細胞瘤、宮頸癌、胃癌、卵巢癌和乳腺癌。同時有研究發(fā)現(xiàn)，MNX1-AS1 水平的升高預(yù)示著 GC 患者的不良預(yù)后，MNX1-AS1 對 GC 具有促進作用。然而，在 GC 中，MNX1-AS1 失調(diào)背后的多種機制在很大程度上仍是未知的。本研究旨在全面探討 MNX1-AS1 介導(dǎo)的 GC 進展機制模型。



         生信分析 
        BTG2 是 GC 中 MNX1-AS1 的關(guān)鍵下游目標(biāo)。a. 對照組與 si MNX1-AS1 組 RNA 轉(zhuǎn)錄序列的散點圖。b. 分級聚類基因轉(zhuǎn)錄在 SGC7901 細胞中 MNX1-AS1 敲除后發(fā)生改變（倍數(shù)變化大于 1.5)。c. GO 分析 MNX1-AS1 基因敲除后的所有突變基因。我們使用 qRT-PCR 檢測來選擇性地檢測參與 GC 進展的幾個基因的改變。在 MNX1-AS1 敲除的 GC 細胞中，e. BTG2 在 mRNA 和蛋白水平上都有明顯的表達 
        BCL2 是 miR-6785-5p 的靶點，被 MNX1-AS1 缺失所抑制。a. 使用 qRT-PCR 檢測轉(zhuǎn)染了 miR-6785-5p mimic 或 miR-6785-5p 抑制劑的 GC 細胞中的 miR-6785-5p，并與對照組比較。b. 采用 MTT 法研究 miR-6785-5p 表達改變對 GC 中細胞活力的影響。c. SGC7901 和 MGC803 細胞進行細胞凋亡染色分析。隨著 MNX1-AS 基因的下調(diào)，BCL2 在 GC 細胞中的表達水平明顯降低。e. qRT-PCR 檢測 miR-6785-5p 調(diào)節(jié)異常對 SGC7901 和 MGC803 細胞 BCL2 表達的影響。f. 推測 miR-6785-5p 在 WT 和 BCL2 的 Mut 3’UTR 中的靶向位點的預(yù)測結(jié)果。MiR-6785-5p 可以與 BCL2 mRNA 的 3'UTR 中的預(yù)測位點結(jié)合。g. Western blot 檢測結(jié)果顯示，miR-6785-5p 過表達可損害 MNX1-AS1 過表達介導(dǎo)的 BCL2 上調(diào)，而抑制 miR-6785-5p 可降低 MNX1-AS1 敲低誘導(dǎo)的 BCL2 下調(diào) 


         研究結(jié)果：           
         首先研究人員結(jié)合已有的研究背景，對 TCGA 和 GEO 數(shù)據(jù)庫中的胃癌測序數(shù)據(jù)進行了分析，并通過 qRT-PCR 擴大驗證，證實 lncRNA MNX1-AS1 在胃癌中高表達。結(jié)合臨床信息分析發(fā)現(xiàn)，高表達的 MNX1-AS1 與胃癌患者的各類臨床特征密切相關(guān)，生存曲線分析提示 MNX1-AS1 可作為胃癌不良預(yù)后因子。隨后研究人員結(jié)合另一 GEO 數(shù)據(jù)，對 MNX1-AS1 的上游調(diào)控因子進行了分析，并在多方實驗的驗證下，確定 TEAD4 通過與 MNX1-AS1 的啟動子區(qū)結(jié)合，參與調(diào)控 MNX1-AS1 的表達。緊接著研究人員對 MNX1-AS1 進行了功能研究，體內(nèi)外實驗結(jié)果提示 MNX1-AS1 能夠促進胃癌細胞增殖、遷移和侵襲，抑制胃癌細胞凋亡。然后研究人員對 lncRNA 參與調(diào)控胃癌進展的分子機制進行了研究，主要分為兩部分：一是通過對 MNX1-AS1 干擾前后的胃癌細胞系進行測序分析，發(fā)現(xiàn) BTG2 是 MNX1-AS1 的靶基因，MNX1-AS1 通過 EZH2 調(diào)節(jié)的 H3K27me3 來抑制 BTG2 的表達，從而調(diào)控胃癌進展；二是鑒于 MNX1-AS1 在細胞質(zhì)中的相對含量較高，研究人員對其 ceRNA 調(diào)控機制進行了分析，結(jié)果顯示 MNX1-AS1 是通過 miR-6785-5p 間接調(diào)控 BCL2 的表達，進而調(diào)控胃癌進展。

         該模型描述了 lncRNA MNX1-AS1 促進胃癌發(fā)生發(fā)展的分子機制。

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