伯豪學院

伯豪生物目前已經先后建成 DNA 甲基化檢測芯片 / 二代測序平臺、RNA 甲基化分析平臺，組蛋白修飾分析平臺、轉錄因子分析平臺和開放染色質分析服務平臺。2012 年至今，伯豪生物表觀產品線已經累計為客戶完成約 1000 例以上科研服務項目，涉及組織、細胞、全血、FFPE 等各類實驗樣本約 2 萬例以上，涵蓋腫瘤、胚胎發(fā)育、復雜疾病等各個領域，協助客戶在 J  Clin Oncol、Nat Commun、PNAS、Ann Rheum Dis 等高水平期刊發(fā)表論文 30 余篇，累計影響因子 150 以上（累計到 2020 年 3 月）。下面讓我們一起來欣賞下部分高分文章吧。

高分文章賞析

一、伯豪客戶發(fā)現預測早期肝癌后可復發(fā)的甲基化標志物

CpG Methylation Signature Predicts Recurrence in Early-Stage Hepatocellular Carcinoma: Results from a Multicenter Study

發(fā)表期刊   

Journal of Clinical Oncology

影響因子

IF=26.303  

中科院雜志分區(qū)

1 區(qū)

通訊作者所在單位

中山大學腫瘤防治中心

伯豪公司提供的產品或服務

Illumina Infinium Human

Methylation 450 Beadchip

摘要：

在全世界范圍內，每年因肝癌死亡的病例超過 50 萬，是主要的致死惡性腫瘤之一。目前對于術后患者缺乏準確預測體系或標志物。本研究建立了一種預測早期肝癌病人術后復發(fā)的模型。研究這采用 450K 芯片檢測了 66 例病人樣本，過濾得到 2550 個差異位點。通過比較兩種算法得到的差異 CpG 位點，共篩選出 46 個 CpG 位點。研究者隨后在一組內部樣本和兩組外部樣本進行了檢測。為了建立臨床上可用于預測個體復發(fā)的模型，綜合考慮了協變量后，研究者用諾模圖建立了可以用來預測的模型，三個矯正點的檢測均得到理想結果。研究者建立了一種諾模圖，用來預測早期肝癌患者的術后復發(fā)風險。

二、伯豪客戶發(fā)現在肝癌復發(fā)中起重要作用的 lncRNA

Recurrently deregulatedlncRNAs in hepatocellular carcinoma

發(fā)表期刊   

Nature Communications

影響因子

IF=11.880

中科院雜志分區(qū)

1 區(qū)

通訊作者所在單位

清華大學生命科學學院

伯豪生物提供的產品或服務

Illumina InfiniumHuman

Methylation 

450K BeadChip RNA-seq

Affymetrix CytoscanHD 

arrays

摘要：

肝癌細胞（HCC）經常侵入門靜脈系統并且發(fā)展成為門靜脈腫瘤血栓（PVTT）。在此，清華大學聯合上海東方肝膽醫(yī)院研究人員通過對 20 個病人的 60 個臨床樣本進行 RNA-Seq 鑒定到了 8603 個可能的 lncRNA。其中 917 個 lncRNA 在 TCGA 數據庫以及發(fā)表的肝癌數據庫中有關聯，235 個 lncRNA 存在 CNVs 和 DNA 甲基化變化。很多與 lncRNA 共表達的基因富集在細胞粘著、免疫反應以及代謝過程等通路上。HAND2-AS1 還通過 RNAi 的敲降進行了部分功能研究。研究結論對 lncRNA 在肝癌的發(fā)生與轉移過程中研究具有重要意義。

三、預測成人 T 淋巴細胞淋巴瘤復發(fā)的甲基化標志物

A CpG Methylation Classifier to Predict Relapse in Adults with T-cell Lymphoblastic Lymphoma

發(fā)表期刊   

Clin Cancer Res

影響因子

IF=8.911    

中科院雜志分區(qū)  

1 區(qū)

通訊作者所在單位

中山大學腫瘤防治中心

伯豪生物提供的產品或服務

Illumina Infinium 

MethylationEPIC 850K 

BeadChip

摘要：

成人 T 細胞淋巴母細胞淋巴瘤（T-LBL) 通常受益于急性淋巴細胞白血?。ˋLL) 樣方案的治療，但大約 40% 的患者在接受這種治療后會復發(fā)。作者評估了 CpG 甲基化在預測成人 T -LBL 治療復發(fā)中的價值。分析來自 27 個醫(yī)療中心的 549 名成人 T -LBL，使 850K 芯片，通過兩種算法從 49 個 T -LBL 樣品中鑒定出 44 個與復發(fā)相關的 CpG 位點。使用 LASSO Cox 回歸基于訓練隊列（n = 160）中 CpG 位點甲基化水平與無復發(fā)生存期（RFS）之間的關聯關系構建了一個四 CpG 分類器。在內部測試隊列中對該四 CpG 分類器進行了驗證（n = 68）和獨立驗證（n = 321），結果顯示基于四個 CpG 位點的分類器將訓練隊列中復發(fā)高風險的 T -LBL 患者與低風險的 T -LBL 患者區(qū)分開（p <0.001），并可用于指導治療決策。

四、DNA 甲基化和 mRNA 表達譜的聯合分析發(fā)現參與臨床無功能垂體腺瘤再生的關鍵基因

Integrated analysis of DNA methylation and mRNA expression profiles to identify key genes involved in the regrowth of clinically non-functioning pituitary adenoma

發(fā)表期刊   

Aging (Albany NY)

影響因子

IF=5.515

中科院雜志分區(qū)  

2 區(qū)

通訊作者所在單位

北京天壇醫(yī)院神經外科  

伯豪生物提供的產品或服務

Illumina Infinium 

MethylationEPIC 850K

BeadChip

摘要：

腫瘤再生是臨床無功能垂體腺瘤（NFPA) 的一個重要特征。目前尚無適用于術后患者的預后評估方法。作者旨在發(fā)現 DNA 甲基化生物標志物用于預后評估。對 71 例 NFPA 患者的腫瘤樣本進行了 DNA 甲基化芯片和基因表達譜分析。對比再生組和非再生組確定差異表達基因和差異甲基化基因。發(fā)現 13 個基因的 DNA 甲基化與基因表達負相關。通過無進展生存分析發(fā)現，FAM90A1、ETS2、STAT6、MYT1L、ING2 和 KCNK1 與腫瘤再生有關。基于 13 個基因建立預后預測模型，6 個基因模型的 AUC 值高 0.820。通過焦磷酸測序和 RT-PCR 對預后生物標志物進行驗證。單變量 Cox 回歸發(fā)現 FAM90A1 和 ING2 是腫瘤再生長的獨立預后因素。FAM90A1 和 ING2 的 DNA 甲基化和表達水平與腫瘤的再生有關，可以作為預測 NFPA 患者預后的生物標志物。

五、在鼻咽癌中，HOPX 高甲基化通過激活 SNAIL 轉錄來促進轉移

HOPX hypermethylation promotes metastasis via activating SNAIL transcription in nasopharyngeal carcinoma

發(fā)表期刊   

Nature Communications

影響因子

IF=11.880 

中科院雜志分區(qū)

1 區(qū)

通訊作者所在單位

中山大學腫瘤防治中心

伯豪生物提供的產品或服務

Illumina Infinium Human

Methylation 450 Beadchip

摘要：

中國華南地區(qū)，鼻咽癌有較高的發(fā)病率。目前，鼻咽癌病人的治療方案主要取決于病人的 TNM 分期。但是，約 30% 的鼻咽癌病人雖然處于相同的 TNM 分期，采用相同的治療方案，其結果也不盡相同。表觀層面的改變對于腫瘤起始和發(fā)展，發(fā)揮著重要的作用。目前，在鼻咽癌轉移發(fā)生過程中表觀的改變并不清楚，也沒有預測模型高精度的篩選出高轉移風險的鼻咽癌病人。中山大學附屬腫瘤醫(yī)院的科學工作者，采用甲基化 450K 芯片在全基因組范圍內鑒定了鼻咽癌病人特異的轉錄因子 HOPX。該研究為鼻咽癌診斷提供了新的生物標記，為鼻咽癌的治療提供了新的靶點。鼻咽癌病人中 HOPX 啟動子區(qū)高甲基化導致的其表達量降低，促進了鼻咽癌細胞的遷移和侵襲。這一生物學進程是由于 HOPX 在生物體內與 HDAC2 結合，能夠抑制 SRF 依賴的 SNAIL 的轉錄。HOPX 的甲基化程度與臨床鼻咽癌病人的生存率高度相關。這一研究結果為鼻咽癌病人的惡性診斷提供了重要依據，豐富了鼻咽癌的治療靶點。

六、IFI44L 基因甲基化水平可以作為紅斑狼瘡診斷標志物

IFI44L promoter methylation as a blood biomarker for systemic lupus erythematosus

發(fā)表期刊

Annals of the Rheumatic Diseases

影響因子

IF=12.350  

中科院雜志分區(qū)  

1 區(qū)

通訊作者所在單位

中南大學湘雅二院

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Illumina Infinium Human

Methylation 450 Beadchip

摘要：

系統性紅斑狼瘡，俗稱“蝴蝶病”，是一種以過量產生多種自身抗體和多器官受累為特征的慢性炎癥性自身免疫性疾病?；颊邇润w存在多種自身抗體，抗體與抗原結合形成免疫復合物沉淀在靶組織中，引起一系列炎性介質釋放，從而造成器官組織的損傷。SLE 的一個重要特征是自身抗體的存在，如 anti- 核抗體（ANAs)、anti- 雙鏈 DNA (dsDNA) 抗體、anti-smith (Anti-Sm) 抗體等，這些抗體已被作為 SLE 患者的常規(guī)血清學標志物。然而，目前可用的 SLE 實驗室標記有明顯的局限性。由于該疾病的顯著異質性，以及驗證單個生物標志物所需要的復雜而嚴格的過程，目前能夠幫助診斷 SLE 的共識生物標志物數量非常有限。研究人員利用 DNA 甲基化芯片篩選出在系統性紅斑狼瘡患者外周血 DNA 中的差異甲基化位點，在中南大學湘雅二醫(yī)院完成了 337 名系統性紅斑狼瘡患者、353 名類風濕性關節(jié)炎患者以及 358 名正常人外周血 DNA 樣本檢測，篩選鑒定出 IF144L 基因甲基化水平可作為系統性紅斑狼瘡診斷的標志物，并進一步在 529 名系統性紅斑狼瘡患者、426 名類風濕性關節(jié)炎患者、199 名干燥綜合征患者以及 569 名正常人中炎癥了該標志物的特異性和敏感性。隨后，Amr H. Sawalha 教授又在歐洲系統性紅斑狼瘡人群中進行了相關驗證。