之前我們略述了代謝組學(xué)的課題設(shè)計(jì)，按照設(shè)計(jì)的思路進(jìn)行實(shí)驗(yàn)后，就需要進(jìn)行代謝樣本的收集了。今天咱按照不同類型的樣本，給大家提供一點(diǎn)收集的建議。
在有限的細(xì)胞核空間中，基因組的大部分是緊密折疊的，僅留下需要轉(zhuǎn)錄的部分是開(kāi)放的。打開(kāi)的染色質(zhì)，就允許一些調(diào)控蛋白（比如轉(zhuǎn)錄因子和輔因子）跑過(guò)來(lái)與之相結(jié)合。而染色質(zhì)的這種特性，就叫做染色質(zhì)的可及性（chromatin accessibility）。ATAC-seq是利用高通量測(cè)序檢測(cè)轉(zhuǎn)座酶易接近的染色質(zhì)的技術(shù)。 ATAC-seq只需要很少的細(xì)胞就能鑒定基因組中所有活躍的調(diào)控序列。
DNA甲基化(DNA methylation)是目前研究得清楚、也是重要的表觀遺傳修飾形式，主要是基因組DNA上的胞嘧啶第5位碳原子和甲基間的共價(jià)結(jié)合，胞嘧啶由此被修飾為5甲基胞嘧啶(5-methylcytosine，5mC)。別看這只是一個(gè)小小的改變，它所起到的作用卻是巨大的！有些科學(xué)家甚至將DNA甲基化叫做“第五種堿基”！
伯豪生物目前已經(jīng)先后建成DNA甲基化檢測(cè)芯片/二代測(cè)序平臺(tái)、RNA甲基化分析平臺(tái)，組蛋白修飾分析平臺(tái)、轉(zhuǎn)錄因子分析平臺(tái)和開(kāi)放染色質(zhì)分析服務(wù)平臺(tái)。2012年至今，伯豪生物表觀產(chǎn)品線已經(jīng)累計(jì)為客戶完成約1000例以上科研服務(wù)項(xiàng)目，涉及組織、細(xì)胞、全血、FFPE等各類實(shí)驗(yàn)樣本約2萬(wàn)例以上，涵蓋腫瘤、胚胎發(fā)育、復(fù)雜疾病等各個(gè)領(lǐng)域，協(xié)助客戶在J Clin Oncol、Nat Commun、PNAS、Ann Rheum Dis等高水平期刊發(fā)表論文30余篇，累計(jì)影響因子150以上（累計(jì)到2020年3月）。下面讓我們一起來(lái)欣賞下部分高分文章吧。
ceRNA（競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA）是近幾年的研究熱點(diǎn)，已知microRNA可以通過(guò)結(jié)合mRNA導(dǎo)致基因沉默，而ceRNA可以通過(guò)競(jìng)爭(zhēng)性地結(jié)合microRNA來(lái)調(diào)節(jié)基因表達(dá)。ceRNA（常見(jiàn)的為lncRNA和circRNA）可以通過(guò)應(yīng)答元件（microRNA response elements, MREs)與microRNA結(jié)合從而影響microRNA導(dǎo)致的基因沉默。
截止2020年3月份伯豪生物協(xié)助客戶發(fā)表高質(zhì)量文章總量1706篇（破1700了），平均2.3天發(fā)一篇文章。3月共有21項(xiàng)文章成果，與各位老師好文共賞！
在醫(yī)學(xué)研究中，我們近年更關(guān)注的是RNA-seq，各種RNA-seq：測(cè)整體的bulk RNA-seq，測(cè)單細(xì)胞的RNA-seq，還有近期興起的空間轉(zhuǎn)錄組（Spacial gene expression）……國(guó)自然中，非編碼RNA的研究也受到了很大的關(guān)注。這些似乎都在告訴我們：得了RNA，就得天下！
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RNA m6A修飾作為2019年國(guó)自然申請(qǐng)中的黑馬，2019年m6A RNA甲基化項(xiàng)目共計(jì)179項(xiàng)，總金額1.1億元左右，單項(xiàng)目獲批金額有305萬(wàn)元，其中面上項(xiàng)目89，青年科學(xué)基金項(xiàng)目81。
