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伯豪生物空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)服務(wù)，探索基因空間表達(dá)信息不二之選！

伯豪生物鄧?yán)蠋熃o大家介紹一下對(duì)轉(zhuǎn)錄組TCGA & GEO的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，包括差異分析、富集分析、單基因展示以及其它個(gè)性化做圖。

在深層皮膚損傷后，哺乳動(dòng)物的進(jìn)化為了加速傷口愈合，會(huì)產(chǎn)生纖維化疤痕。我們無(wú)法再生功能性真皮以及一些功能附屬物是人類(lèi)皮膚傷口愈合的主要障礙。有趣的是，一些組織擁有再生的能力，例如全層切除皮膚傷口后的新生毛囊(HF)形成已經(jīng)在小鼠中被證明，這作為一個(gè)強(qiáng)大的模型，以了解潛在的皮膚再生機(jī)制。哺乳動(dòng)物的新皮膚修復(fù)纖維化瘢痕的形成是由于真皮成纖維細(xì)胞占優(yōu)勢(shì)，容易產(chǎn)生過(guò)量的纖維胞外基質(zhì)。因此，確定成纖維細(xì)胞的來(lái)源對(duì)于改善傷口愈合效果的治療至關(guān)重要。

結(jié)直腸癌（CRC）是常見(jiàn)的惡性腫瘤之一，在我國(guó)的發(fā)病率位于惡性腫瘤第3位、死亡率排第5位，其發(fā)生被遺傳和環(huán)境因素共同驅(qū)動(dòng)。目前，結(jié)直腸癌的主要治療方法為外科手術(shù)治療、輔助放化療，但晚期CRC患者的總體生存率仍然很低。因此，尋找經(jīng)濟(jì)有效的診斷及預(yù)后評(píng)估指標(biāo)，為CRC患者提供有效的術(shù)后監(jiān)測(cè)以及提高治愈率尤其關(guān)鍵。

項(xiàng)目新文|基于GEO、TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)研究MARC2抑制肝細(xì)胞癌進(jìn)展的機(jī)制：“新型線粒體酰胺肟還原成分2是癌癥的有利指標(biāo)，通過(guò)調(diào)節(jié)p27的表達(dá)來(lái)抑制肝細(xì)胞癌的進(jìn)展”文獻(xiàn)伯豪生物客戶解讀。

前面我們有介紹了利用10x Space Ranger軟件分析空間轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)得到可用于下游分析的矩陣和鏡像文件。今天來(lái)介紹一下怎么利用Space Ranger的結(jié)果文件進(jìn)行后續(xù)分析，這里主要使用Seurat在進(jìn)行下游分析。

前期軟文我們整理了單細(xì)胞核測(cè)序（snRNA-seq）相對(duì)于單細(xì)胞測(cè)序（scRNA-seq）的一些優(yōu)勢(shì)，包括細(xì)胞類(lèi)型多樣性，酶解偏好性，樣本類(lèi)型（冰凍或者新鮮樣本），酶解產(chǎn)生的應(yīng)激性等方面。涉及的組織主要集中在腦，腎臟和心臟。其實(shí)，snRNA測(cè)序還有其他的優(yōu)勢(shì)，比如可以更好的研究基質(zhì)內(nèi)嵌的間充質(zhì)細(xì)胞；減少線粒體相關(guān)基因，管家基因的檢測(cè)；以及可以識(shí)別更多的lncRNAs。

10x空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)跑完Space Ranger之后都會(huì)生成單個(gè)樣本的cloupe.cloupe文件，這個(gè)文件可以用Loupe Browser來(lái)對(duì)單個(gè)樣本進(jìn)行可視化，Loupe Browser操作簡(jiǎn)單、結(jié)果直觀，非常適合不太會(huì)寫(xiě)代碼的老師或同學(xué)來(lái)自己挖掘數(shù)據(jù)。

本期的主題是胃腸道腫瘤，為大家搜集了RNA m6A修飾的相關(guān)研究，樣本類(lèi)型有全血、細(xì)胞和組織。其中全血樣本的研究主要為了尋找標(biāo)志物，而細(xì)胞和組織通常會(huì)結(jié)合出現(xiàn)，以便進(jìn)行深入的機(jī)制研究。

伯豪生物通過(guò)互聯(lián)網(wǎng)收集到8月單細(xì)胞測(cè)序相關(guān)文獻(xiàn)41篇（平均IF>9），于本文末列出單細(xì)胞測(cè)序文獻(xiàn)發(fā)表期刊、研究方向和技術(shù)平臺(tái)等信息，伯豪生物隨機(jī)挑選了其中5篇，供大家查閱，以期望提供更多單細(xì)胞測(cè)序科研思路給科研領(lǐng)域內(nèi)的各位科研工作者。